Земляне находятся под чуткой защитой секретной организации. Агенты MIB разрабатывают специальную программу по охране общества от инопланетных существ. Раньше штаб-квартира ведомства «Люди в черном: Интернэшнл» ограничивалась нью-йоркским офисом, но теперь обновленная агентурная сеть разбросана по планете. Бюро сражается с внешними угрозами, но внезапно внутри тайного подразделения появляется крот. Злоумышленник крадет важные пароли, узнает о потайных убежищах и намеренно указывает пришельцам на уязвимые локации. Хваткие враги неоднократно используют прорехи в мировой системе безопасности, чтобы нанести удар.

Руководитель службы поручает двум оперативникам вычислить предателя. Агенты Эйч и Эм становятся временными напарниками по сверхсекретной операции. Парень — источник проблем, а девушка — любительница инструкций и правил. Бесшабашный хулиган пытается отучить союзницу от постоянного контроля и рапортов о мелких происшествиях. Напарникам сложно притереться характерами, но ради поимки общего врага приходится мириться с причудами спутника. Изобретательный противник заманивает преследователей в ловушки, где бравый тандем сталкивается с убийственными инопланетными гостями. Но смельчаки сразятся за победу, даже если придется облететь всю Вселенную ради благополучия Земли.