Любознательный школьник использует старый блокнот для записи всех примечательных явлений вокруг. Ученик 4-го класса отличается гибким умом и умением анализировать процессы, скрытые от глаз заурядных людей. Мальчик объединяется с другими юными гениями, чтобы исследовать тайну, окутавшую японский городок. Предметом изучения детишек становится «Тайная жизнь пингвинов» в японской провинции. Откуда взялись диковинные существа в азиатском государстве? Этот вопрос волнует всех жителей региона. Обеспокоенные граждане пытаются разгадать происхождение сенсационной ходячей находки.

Тем временем милые создания расхаживают по улицам и даже соглашаются фотографироваться с заинтересованными прохожими. Юный исследователь примечает, что сотрудница стоматологической клиники не удивлена прибытию чудесных зверей в их край. Девушка сохраняет самообладание, но переживает из-за другой опасности — сохранности океана. Причиной тревог оказывается странный водный купол, образовавшийся у городской черты. Океаническая масса постепенно увеличивается, а из нее вырываются новые неизвестные существа, способные навредить цивилизации. Маленький Аояма понимает, что в природе произошел сбой, и только ему подвластно решение столь серьезной проблемы.