Загадочный временной скачок придется совершить мужественному заступнику Готэма. Красочное убранство вокруг не смущает странника, но отсутствие привычных удобств и технических ухищрений становится проблемой для гостя. Феодальная Япония готовит ловушки для благородного гостя. Вопреки неприятностям «Бэтмен-ниндзя» собирается восстановить порядок на угнетенных землях. Враги могущественного Темного рыцаря обладают всеобъемлющей властью в отдельных феодах. Джокер пытается зародить мятежи в разорванном на кусочки государстве, чтобы воспользоваться уязвимостью края и единолично захватить его.

Уникальные заготовки отважного визитера быстро исчерпываются. Оружие будущего не функционирует в прошлой эпохе. Смельчаку приходится осваивать другие военные техники и пользоваться смекалкой соратников. Находчивая Женщина-Кошка предлагает воителю использовать специальные мечи и аккумулировать собственную мудрость и силу Востока для победы над хищным оппонентом. Только первая осечка врага ведет к обратному результату. Вредитель успевает оживить мрачное существо, способное окончательно ликвидировать дружный отряд поборников справедливости. Друзьям предстоит выдержать натиск легендарного монстра, чтобы защитить японцев от погибели и благополучно вернуться в родную эпоху.