Действие сериала «Двенадцать обезьян» происходит в недалеком будущем. Правда, планету Земля невозможно узнать. Ведь какой-то неизвестный вирус стоил жизни целому человечеству. Оставшиеся в живых люди вынуждены все время пребывать под землей, чтобы избежать смертельной опасности заражения отравленным вирусом воздухом. Вместе с этим, новые времена принесли и новые открытия, среди которых самым весомым стало изобретение машины времени. С ее помощью теперь предстоит вернуться в прошлое и постараться повлиять на течение истории.

Для этого задания подобран специальный исполнитель – Коул. Он - бывший преступник, осужденный за свои многочисленные злодеяния и получивший единственный шанс навсегда реабилитировать себя. Но для этого ему необходимо не только совершить возврат в прошлое, но и заняться поиском главаря преступной организации «Двенадцать обезьян», которого подозревают в намеренной разработке и распространении смертельного вируса. Коул понимает всю ответственность своей миссии и пытается своими поступками оправдать такое доверие. Удастся ли главному герою самостоятельно справиться с непростой задачей спасения мира, и поможет ли измененное прошлое предотвратить пандемическую катастрофу?